관세청납세자보호 인용률, 2년 새 왜 2배 됐을까요?

관세조사나 통관 결정에 이의를 제기했을 때 받아들여질 확률이 2년 새 2배 넘게 뛰었다. 관세청이 납세자보호제도를 개편하면서 신청 접수 시 통지 의무까지 새로 생겼다.

관세청이 2026년 9월 16일 본청 및 전국 6개 본부세관 납세자보호위원회 위원장들과 간담회를 열고 밝힌 내용이다.

인용률, 얼마나 올랐나

납세자 권리보호 업무처리 건수는 2023년 50건에서 2025년 71건으로 42% 증가했다. 더 눈에 띄는 변화는 인용률이다. 요청이 받아들여진 비율을 뜻하는 인용률 28.0%→61.9%로 33.9%포인트 상승했다. 처리 건수는 늘고, 그중 받아들여지는 비율도 함께 늘었다는 뜻이다.

구분	2023년	2025년
권리보호 업무처리 건수	50건	71건
인용률	28.0%	61.9%

출처: 관세청 간담회 발표(2026-09-16). 2025년 71건은 권리보호요청 42건·제도개선 21건·고충민원 7건·관세조사 범위확대 1건으로 구성된다.

의견진술권, 이제 "안내"에서 "의무"로

가장 실용적인 변화는 의견진술 신청서 서식이 마련됐고, 납세자의 의견진술 신청 접수 시 통지 의무가 새로 생겼다는 점이다. 종전에는 납세자에게 의견진술권을 소극적으로 안내만 했지만, 고시 개정으로 신청서 서식을 갖추고 접수됐다는 사실을 통지받을 수 있게 됐다. 신청했는지 안 했는지, 접수됐는지 안 됐는지를 납세자가 스스로 확인해야 했던 이전과 달리, 이제는 절차가 진행되고 있다는 걸 통지로 확인할 수 있다.

위원회 운영은 어떻게 바뀌었나

납세자보호위원회는 전체 11명 중 내부위원 1명을 제외한 90%가 외부위원으로 구성돼 있다. 학계·법조계·경제계 등 다양한 분야의 외부 전문가가 대다수를 차지하는 구조이기 때문에, 세관 내부 판단만으로 결론이 나지 않도록 설계됐다고 볼 수 있다. 공정성과 투명성을 높이기 위해 위원회 개최 시 위원의 제척·회피 사전진단서 배포를 제도화했고, 온라인 납세자보호시스템을 도입해 관련 업무 처리를 자동화했다. 또한 전국 본부세관 위원 업무토론회와 현장회의를 통해 권리보호 안건을 발굴하고, 관세조사·납세자보호 담당 직원들을 대상으로 정기 교육도 실시하고 있다. 이런 조치들은 결과적으로 위원회 심의 하나하나가 특정 개인의 판단에 좌우되지 않고, 절차적으로 검증된 과정을 거치도록 하는 데 목적이 있는 것으로 풀이된다.

이게 새 정책 발표는 아니다

이번 자료는 새로운 제도를 발표한 것이 아니라, 이미 시행 중인 개선 사항의 현황을 위원장들에게 보고한 간담회 내용이다. 즉 의견진술 신청서 서식 마련이나 통지 의무 신설, 온라인 시스템 도입은 이미 진행돼온 조치이고, 이번 발표는 그 성과(인용률 상승)를 공유하는 자리였다는 뜻이다.

인용률 61.9%, 정확히 무엇의 비율인가

원문에는 인용률의 정확한 산출 방식(전체 신청 건수 대비인지, 처리 완료 건수 대비인지)이 구체적으로 나오지 않는다. "인용률"이라는 표현만 제시돼 있어, 정확한 분모를 임의로 추정하기는 어렵다. 다만 처리 건수와 인용률이 함께 상승한 흐름 자체는 원문 수치 그대로다.

앞으로 뭘 더 하겠다고 했나

위원장들은 제도를 몰라 이용하지 못하는 납세자에 대한 접근성 제고, 잠재된 고충·권리침해 가능성을 조기에 발견하기 위한 업무 저변 확대 등을 향후 과제로 제시했다. 이종욱 관세청장은 "국민안전과 경제안보를 지키는 관세행정의 역할이 커질수록 납세자의 권리를 두텁게 보호하는 일도 더욱 중요해진다"며 "필요한 순간 납세자보호관이 납세자의 곁에서 함께 하는 제도로 발전시키겠다"고 밝혔다. 관세청은 신청된 건을 처리하는 데 그치지 않고, 전국 본부세관과 소통해 납세자의 어려움을 먼저 살피는 체계를 만들어가겠다고 덧붙였다. 이 발언은 그동안의 개선이 절차·시스템 정비에 집중돼 있었다면, 앞으로는 납세자가 문제를 제기하기 전 단계에서부터 선제적으로 살피는 방향으로 무게중심을 옮기겠다는 의미로 읽힌다.

이의 제기하려면 어떻게

• 관세조사, 통관 결정 등 관세 관련 처분에 이의가 있다면 관할 세관 납세자보호위원회에 의견진술을 신청할 수 있다
• 의견진술 신청서의 구체적 작성 방법과 제출처는 이번 자료에 나오지 않으므로 관할 세관에 직접 문의해야 한다
• 신청 접수 시 통지를 받게 되므로, 신청 이후 접수 여부를 별도로 확인하지 않아도 된다

납세자보호제도의 법적 근거는 「관세법」과 「국세기본법」 등에 마련돼 있다. 구체적인 조문과 절차가 궁금하다면 국가법령정보센터에서 「관세법」상 납세자권리헌장·과세전적부심사 관련 조항을 확인할 수 있다.

자주 묻는 질문

Q. 인용률 61.9%면 10건 중 6건이 받아들여진다는 뜻인가?
A. 원문 표현 그대로다. 다만 정확한 산출 분모가 명시되지 않아, 모든 유형의 신청에 동일하게 적용되는 수치인지는 확인되지 않는다.

Q. 의견진술 신청서는 어디서 받나?
A. 이번 자료에는 구체적인 신청서 양식 배포처가 나오지 않는다. 관할 세관 납세자보호위원회에 문의하는 것이 정확하다.

Q. 온라인 납세자보호시스템은 납세자도 직접 쓸 수 있나?
A. 이번 자료는 업무 처리 자동화 목적으로 도입됐다고만 밝히고 있어, 납세자가 직접 접속해 신청할 수 있는 시스템인지는 명시되지 않았다.

Q. 관세청 외에 다른 세금 관련 이의신청도 이런 절차를 따르나?
A. 이번 자료는 관세청의 납세자보호제도만 다룬다. 국세청 등 다른 과세기관의 이의신청·권리구제 절차는 각 기관의 별도 규정을 따르므로, 관세가 아닌 다른 세목이라면 해당 기관에 별도로 확인해야 한다.

정리하면, 관세청 납세자보호제도의 핵심 변화는 의견진술권이 안내에서 통지 의무로 강화됐고, 실제 인용률도 2년 새 2배 넘게 올랐다는 것이다. 관세 관련 처분에 이의가 있다면, 이전보다 절차가 투명해진 지금 관할 세관에 의견진술을 신청해보는 것도 방법이다.

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